1.生物信息多种组学数据的分析、存储、与管理

（1）开发组学数据挖掘工具，整合并分析多种组学数据；

（2）建立生物信息多组学数据库系统；

（3）生物信息数据可视化以及在线分析系统。

2.基因组学、功能基因组学及蛋白组学分析技术研究

（1）基因组序列信息的提取和分析，包括基因的发现与鉴定，基因组中非编码区的信息结构分析，模式生物完整基因组的信息结构分析和比较研究,为进一步发现新基因和新变异位点以及各种功能位点等做好基础；

（2）功能基因组相关信息分析，包括与大规模基因表达谱分析相关的算法、软件研究，基因表达调控网络的研究。

（3）初步建立蛋白组学研究的生物信息技术、蛋白组系列数据库、蛋白组功能连锁群分析的理论模型及相应的算法；探索与生物性状相关的蛋白质表达谱，在网络水平上探讨如生物发育及生理等调控规律和相关蛋白质相互作用。

3.与基因组信息相关的核酸、蛋白质空间结构的预测和模拟，以及蛋白质功能预测的研究

（1）RNA(核糖核酸)的结构模拟和反义RNA的分子设计

（2）蛋白质空间结构模拟和分子设计：

• 整合、设计蛋白质模拟算法；

• 设计具有不同功能域的复合蛋白质以及连接肽，进行基于酶和功能蛋白质结构、细胞表面受体结构的药物设计；

• 初步建立计算机生物活性分子高通量筛选方法,开展关于新农药以及新医药研发的基础研究。